Opzioni a scomparsa. Lezioni da Gamma, Utah և Mu

All’inizio del 2021, gli scienziati colombiani hanno scoperto una nuova versione inquietante del coronavirus. Questa variante, che alla fine divenne nota come Mu, presentava diverse mutazioni inquietanti che secondo gli esperti potrebbero aiutare a impedirle di proteggere il sistema immunitario.

Nei mesi successivi Moon si è diffuso rapidamente in Colombia, provocando un nuovo aumento dei casi di Covid-19. È stato trovato in dozzine di paesi alla fine di agosto e l’Organizzazione mondiale della sanità l’ha definita “un’opzione interessante”.

“Mu stava iniziando a fare scalpore in tutto il mondo”, ha detto Joseph Fower, un epidemiologo genomico presso l’Università del Nebraska Medical Center, che ha condotto un recente studio su questa variante.

E poi si è rotto. Oggi la versione è tutta sparita.

Per ogni Delta o Omicron, c’è Gamma, Iota o Mu, varianti che hanno generato una crescita locale ma non hanno mai raggiunto il dominio globale. E mentre la comprensione di Omicron rimane una priorità assoluta per la salute pubblica, si possono trarre lezioni da queste piccole famiglie, affermano gli esperti.

“Questo virus non ha motivo di smettere di adattarsi e svilupparsi”, ha affermato Joel Vertheim, epidemiologo molecolare dell’Università della California, a San Diego. “E vedere come lo ha fatto in passato ci aiuterà a prepararci per tutto ciò che potrà fare in futuro”.

Gli studi di Navigator hanno fatto luce su lacune di controllo, errori politici e ulteriori prove che i divieti di viaggio internazionali degli Stati Uniti non sono stati efficaci e ciò che rende il virus efficace, suggerendo che la trasmissione era più forte nelle prime fasi dell’epidemia. rispetto all’elusione immunitaria.

La ricerca sottolinea anche l’importanza del contesto. Le opzioni che hanno un impatto in alcuni luoghi non hanno mai luogo in altri. Di conseguenza, è difficile prevedere quali varianti prevarranno e le varianti future richiederanno un monitoraggio completo e quasi in tempo reale dei patogeni.

“Possiamo guadagnare molto osservando la sequenza del genoma virale, dicendo: “Questo è probabilmente peggio dell’altro”, ha detto il dottor Wertheim. “Ma l’unico modo per saperlo con certezza è vederlo diffondersi, perché ci sono così tante opzioni potenzialmente pericolose che non sono mai state utilizzate prima”.

Il coronavirus è in continua evoluzione, և la maggior parte delle nuove versioni non viene mai notata o nominata. Ma altri sono allarmati perché stanno rapidamente diventando più comuni o perché il loro genoma sembra minaccioso.

Entrambi erano veri per Mu quando si è diffuso in Colombia. “Conteneva una serie di mutazioni che le persone stavano seguendo da vicino”, ha detto Mary Petron, epidemiologa dell’Università di Sydney, autrice del nuovo articolo Mu. Diverse mutazioni nella sua proteina spike sono state riportate in altre varianti che evitano il sistema immunitario, incluso Beta-Gamma.

In un nuovo studio, non ancora pubblicato sulla rivista scientifica, i ricercatori hanno confrontato le caratteristiche biologiche di Mui con il virus alfa, beta, delta e gamma originale. Hanno scoperto che Mu non si replicava più velocemente di qualsiasi altra variante, ma era la più immunitaria e più resistente agli anticorpi rispetto a qualsiasi variante nota diversa da Omicron, afferma il dottor Fower.

Analizzando le sequenze genomiche di campioni di Mu provenienti da tutto il mondo, i ricercatori hanno ricostruito la distribuzione della versione. Hanno concluso che Moon probabilmente è apparso in Sud America a metà del 2020. È stato poi fatto circolare per mesi prima di essere scoperto.

Il controllo genomico era “imperfetto” in molte parti del Sud America Jesse Bloom, un esperto di evoluzione virale presso il Fred Hutchinson Cancer Research Center di Seattle. “Se ci fosse un migliore controllo in quelle aree, potrebbe essere più facile valutare più rapidamente quanto Mui sia preoccupato”.

Moon ha presentato una sfida. Aveva un tipo di mutazione nota come mutazione frame, che era rara nei campioni di coronavirus. Tali mutazioni sono state citate come errori quando gli scienziati, incluso il dottor Fower, hanno tentato di caricare le loro sequenze Mu su GISAID, un archivio internazionale di genomi virali utilizzato per memorizzare nuove versioni.

Questa complicazione ha creato ritardi nella distribuzione pubblica delle sequenze Mu. I ricercatori hanno scoperto che il tempo impiegato dal paziente per raccogliere il campione del virus e renderlo “disponibile al pubblico tramite GISAID” è stato costantemente più lungo per i casi di Mu che per Delta.

“Il genoma stesso era in gran parte controllato artificialmente”, ha affermato il dottor Fower. “Di conseguenza, almeno nella nostra esperienza, non riceviamo dati per settimane, quando di solito proviamo a estrarli nel giro di pochi giorni”.

(I sistemi di controllo della qualità GISAID sono possibili, hanno sottolineato i ricercatori, e il magazzino ha risolto il problema.)

Combina questo gap di controllo con l’evasione immunitaria di Mu, la versione և sembrava pronta per partire. Ma ciò non è accaduto. Invece, la Luna si è irradiata dal Sud e Centro America ad altri continenti, ma non si è diffusa dopo essere apparsa lì, hanno scoperto gli scienziati. “Ha dimostrato che questa opzione probabilmente non era così conveniente per le persone del Nord America e dell’Europa come ci aspettavamo”, ha affermato il dott. Petron.

Ciò era probabilmente dovuto al fatto che Moon era in competizione con una versione più formidabile, Delta. Delta non era abile nell’evitare gli anticorpi come lo era Moon, ma era più contagiosa. “Così alla fine Delta è diventato più diffuso”, ha detto il dottor Bloom.

Lo studio delle opzioni di successo racconta solo metà della storia. “Le opzioni che non diventano dominanti sono in qualche modo un controllo negativo”, ha affermato il dottor Petron. “Ci dicono cosa non ha funzionato, aiutando così a colmare le lacune di conoscenza sui diversi sport”.

Oltre a Mu, Delta ha superato diverse varianti che evitano il sistema immunitario, tra cui Beta, Gamma e Lambda. Questo modello suggerisce che l’elusione immunitaria da sola non era sufficiente per superare la versione altamente contagiosa del virus, o almeno non era nelle prime fasi dell’epidemia quando pochi avevano l’immunità.

Ma le vaccinazioni multiple ondate di infezione hanno cambiato il panorama immunitario. Secondo gli scienziati, l’opzione altamente immunitaria dovrebbe ora avere più vantaggi, motivo per cui Omicron ha così tanto successo.

Un altro studio recente ha scoperto che a New York lo spettro di prevenzione immunitaria funziona meglio nei quartieri con livelli di immunità preesistenti, in alcuni casi perché sono stati duramente colpiti dalla prima ondata di Covid. “Non possiamo guardare la nuova versione nel vuoto, perché appare nell’ombra di tutte le versioni che sono apparse prima”, ha detto il dottor Wertheim, che ha guidato lo studio.

In effetti, lo scontro tra versioni passate mostra che il successo dipende fortemente dal contesto. Ad esempio, New York City potrebbe essere il luogo di nascita della versione Iota, che è stata trovata per la prima volta in campioni di virus raccolti nel novembre 2020. “E così si è stabilizzato molto tempo fa”, ha detto il dottor Petron. Anche dopo l’apparizione della versione Alpha più trasferibile, Yota è rimasta la versione dominante della città per mesi prima di scomparire definitivamente.

Ma in Connecticut, dove sia Iotan che Alfa sono apparse nel gennaio 2021, le cose sono andate diversamente. “Alpha è saltato in pieno. Yota non ha avuto alcuna possibilità”, ha detto il dottor Petron, che ha guidato lo studio delle opzioni in entrambi i distretti.

Un modello simile sta già cominciando ad emergere in molte dinastie Omicron. Negli Stati Uniti è stato rilasciato BA.2.12.1, scoperto per la prima volta a New York, mentre in Sud Africa, BA.4 և BA.5 stanno sollevando una nuova ondata.

Questo è un altro motivo per considerare le opzioni che si sono indebolite, afferma Sarah Otto, biologa evoluzionista alla Columbia University nel Regno Unito. La versione che era stata mal abbinata per un certo periodo di tempo և avrebbe potuto risultare in un’altra versione. In effetti, la sfortuna di Mui potrebbe essere stata che è apparso troppo presto. “Forse così tante persone che hanno l’immunità promuoverebbero davvero questa opzione”. Il dottor Otto ha detto:

Ma la prossima preoccupazione potrebbe essere la progenie di un lignaggio che evita il sistema immunitario o qualcosa che non è mai stato così diffuso, ha detto.

Guardare indietro alle versioni precedenti può anche darti un’idea di cosa ha funzionato o meno quando le hai incluse. Il nuovo studio di Gamma fornisce ulteriori prove del fatto che è improbabile che i divieti di viaggio internazionali, almeno per quanto imposto dagli Stati Uniti, impediscano la diffusione della versione a livello globale.

Gamma è stato scoperto per la prima volta in Brasile alla fine del 2020. Nel maggio di quell’anno, gli Stati Uniti hanno vietato alla maggior parte dei cittadini non statunitensi di entrare nel paese dal Brasile, una restrizione che è durata fino a novembre 2021. Tuttavia, gamma è stata trovata negli Stati Uniti. Gli Stati Uniti si sono presto espansi in dozzine di stati nel gennaio 2021.

Poiché Gamma non è mai stato dominante nel mondo, lo studio della sua prevalenza ha fornito un quadro “più chiaro” dell’efficacia delle barriere di viaggio. ha affermato Tetyana Vasileva, epidemiologa molecolare dell’Università della California, San Diego e autrice dello studio. “Quando si tratta di esplorare opzioni come, ad esempio, Delta, qualcosa che è esploso ovunque, a volte è davvero difficile trovare schemi perché accade su larga scala, molto rapidamente”, ha detto.: .

In un’emergenza sanitaria globale in corso, con il virus che cambia rapidamente, c’è una comprensibile spinta a concentrarsi sul futuro, ha affermato il dottor Fower. E mentre l’attenzione del mondo si spostava sul Delta e poi su Omicro, lui ei suoi colleghi hanno discusso se continuare a ricercare le vecchie notizie di Mu.

“Si diceva. “A qualcun altro importa di Moo?”, ricorda il dottor Fower. “Ma pensiamo che ci sia ancora spazio per ricerche di alta qualità che pongano domande sulle versioni precedenti della preoccupazione, cercando di guardare indietro a ciò che è accaduto”.

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